2005 DC

Los Decepticons parten para Cybertron, permitiendo un corto tiempo de paz en la Tierra. Los Autobots construyen la ciudad Autobox, planeando usarla como base y como un gigante guerrero Transformer, Metroplex. Spike tienen un hijo llamado Daniel, y entonces van con un equipo de Autobots a usar las lunas de Cybertron como una piedra de pasantes para atacar a los Decepticons.
Desafortunadamente, Megatron conoce de este plan Autobot y secuestra una nave Autobot yendo a la Tierra. Varios Autobots mueren en el secuestro. Segundos antes de la nave aterrizar, Hot Rod y Daniel descubren los Decepticons y abren fuego contra ellos, permitiendo a los Autobots transformar la ciudad Autobot en modo de defensa. Pero atacados por sorpresa muchos Autobots son asesinados. Un mensaje es enviado a Optimus en Cybertron, pero hasta a velocidad superluminosa una nave estelar toma 12+ horas para llegar a la Tierra.

Prime llega con refuerzos, y lucha con Megatron. Los Decepticons se retiran, tomando sus muertos y heridos con ellos. Prime es dañado al tratar de repararlo, y muere, pasando la Matriz a Ultra Magnus. La Matriz no lo acepta, Megatron y otros Decepticons averiados son colocados a la deriva en el espacio inter-estelar, donde ellos son encontrados por Unicrom. Unicrom los reforma con sus propios agentes, y les da una nave estelar para asesinar el que tenga la Matriz. Megatron, ahora Galvatron, asesina a Starscream para recuperar el liderazgo de los Decepticons, entonces atacan a los Autobots en la tierra.

Unicrom llega a una órbita alrededor de Cybertron, comiendo una de las lunas. Spike y Bumblebee son presumidos muertos.

Galvatron conoce que Unicrom controla todo de sus creaciones por medio de una unión sub-espacial a un trabajoso circuito.
Los Autobots huyen en dos naves. Durante la batalla que sigue, una nave con los Dinobots, Kup, y Hot Rod se estrella en un planeta, mientras la otra nave se autodestruye a fin de que Galvatron crea que Springer, Arcee, Ultra Magnus, y Daniel están muertos con la Matriz. En realidad el puente de la nave espacial se estrello en un planeta Junk.

Hot Rod se despierta para encontrarse a si mismo sobre una parodia de planeta donde las formas de vida biológicas son imitadas en forma robótica. Rescata a Kup, solamente para ser capturados por Sharkicons. Los dos son colocados en una cárcel donde el conoce a Krannix, el ultimo sobreviviente de el ultimo planeta de Unicrom. Entonces Krannix es sentenciado a muerte. Los gobernadores del mundo son cyborgs de cinco caras, quienes deliberan sentenciado a muerte a los Autobots también. Kup y Hot Rod son rescatados por los Dinobots, quienes encontraron un aliado llamado Wheelie. Los Autobots roban una nave alíen para buscar a los otros.

En el planeta Junk, Daniel y los otros son emboscados por Decepticons y Transformers aliens igual. Ultra Magnus es destrozado y la Matriz tomada. Hot Rod y los otros llegan al planeta Junk, conocen los Autobots Junkion. Los Autobots y Junkions iguales ahora reactivan a Ultra Magnus y guían a Cybertron para parar a Unicrom.

En la órbita de Cybertron, Galvatron trata de lanzar fuera el yugo de Unicron. En respuesta, Unicron se transforma de planeta a modo de batalla, y ataca Cybertron. Shockwave ensambla a los Decepticons en Cybertron para atacar a Unicron. Muchos Decepticons mueren. Hot Rod y los Junkions llegan, y Hot Rod pilotea una nave dañada contra la unidad principal de Unicrom, cegando un ojo pero causando pequeños daños por todas partes. La nave de los Junkions continúa con rumbo a Unicrom. Dentro de Unicrom, los Autobots son separados, con Springer, Kup, Ultra Magnus, y Daniel liberando a Spike y Bumblebee mientras Hot Rod encuentra y pelea con Galvatron por la Matriz del Liderazgo.

Galvatron esta enloquecido por sus viejos recuerdos ser Megatron, independiente del control de Unicrom, y Unicrom usa el dolor para estimular a Galvatron a actuar.

Grimlock descubre que su estrategia de "Fuerza bruta" puede necesitar reevaluarse.

Hot Rod controla y consigue la Matriz de Galvatron, y la Matriz lo acepta a el causando una transferencia de Energía a materia, cambiado a Hot Rod en Rodimus Prime. Rodimus lanza a Galvatron fuera de Unicron, entonces abre la cápsula de cristal de la Matriz. La Energía de la Matriz divide una y otra vez, dañando a Unicron donde quiera que lo toca. Rodimus recolecta la Energía y entonces guía a los otros Autobots fuera de la cabeza de Unicrom. Dentro de Unicron, el daño causado por la Energía de la Matriz comienza a sobrecargarlo. Unicron explota desde su interior, dejando solamente su cabeza intacta.

Con los Decepticons huyendo de Cybertron, el planeta esta ahora en control de los Autobots de nuevo.